Otros lugares de interés del Monasterio son: Las Salas Capitulares; originalmente eran las salas donde los monjes celebraban los Capítulos, actualmente son unas salas dedicadas a la exhibición de pinturas. En su tiempo, estaba decorada por un gran número de obras importantes, para esa sala pintó Velázquez “La Túnica de san José” o Tiziano su “San Jerónimo”. Muchas de ellas se llevaron al Museo del prado, mientras que otras han sido recuperadas de expolios, como “El Martirio de San Sebastián” de Van Dyck.

Museo de Arquitectura; situadas en la parte baja del edificio, se exponen las herramientas, grúas y otros tipos de materiales , con los que se llevo a cabo la construcción del conjunto. También puede verse planos, maquetas todo ello relativo a la obra.

Los Jardines de los Frailes; construidos en època de Felipe II, en ellos los monjes reposaban y oraban. También fue usado por los alumnos del colegio de los frailes agustinos, como lugar de recreo y estudio.

Pinacoteca; conjunto de salas que reunen parte de las colecciones reales, compuesta por pintura alemana, flamenca,veneciana, italiana y española, de los siglos XV, XVI y XVII. En ella podemos admirar obras de Coecke, El Bosco, “La Adoración de los pastores” de Tintoretto o “El Martirio de San Lorenzo”.